Ab den 1950er-Jahren führen regionale Vereine der reformierten Kirche und der katholischen Kirche Eheberatungsstellen. In den 1970er-Jahren vereinigten die beiden Kirchen die Beratungsstellen zu einem ökumenischen Beratungsangebot. Denn die gesellschaftlichen Entwicklungen mit ihren veränderten Beziehungsformen und steigenden Scheidungszahlen stellten Familie und Partnerschaft vor neue Herausforderungen. Seither steht das Beratungsangebot allen Ratsuchenden unabhängig von Konfession und religiöser Herkunft offen. Für Paare in Scheidung besteht die Möglichkeit, die Trennung mit einer Familienmediation durchzuführen.
Im Jahr 1985 stimmte die Schweizer Bevölkerung dem neuen Eherecht zu. Gemäss Art. 171 ZGB hatten nun die Kantone dafür zu sorgen, dass sich die Ehegatten bei Eheschwierigkeiten gemeinsam oder einzeln an Ehe- oder Familienberatungsstellen wenden können. Die Zürcher Regierung kam 1988 zum Schluss, dass die reformierte und katholische Kirche mit ihrem Beratungsangebot eine staatliche Aufgabe erfült. Deshalb unterstützt der Kanton Zürich die Paarberatung und Mediation im Kanton Zürich. Da diese Subventionen nicht genügen, um die auf Basis der finanziellen Verhältnisse ermässigten Beratungskosten für Ratsuchende zu decken, steuern die Landeskirchen weiterhin den grössten Beitrag dazu bei.
Um die Jahrtausendwende wurde bei den nicht mehr zeitgemässen Strukturen der Reformbedarf immer deutlicher. Nach mehreren Anläufen wurde die Paarberatung und Mediation schliesslich im Jahr 2015 mit einer kantonalen Trägerschaft für die dezentralen Beratungsstellen reorganisiert. Dazu bildeten die beiden Kirchen den «Ökumenischen Verein Paarberatung & Mediation im Kanton Zürich» und errichteten eine zentrale Geschäftsstelle. Die Angebote, die Bedingungen sowie die Tarife konnten vereinheitlicht werden, ebenso die Erreichbarkeit der Beratungsstellen sowie der öffentliche Auftritt. Die neue kantonsweite Organisation nahm ihre Geschäftstätigkeit im Januar 2016 auf.
Im Mai 2022 wurde eine neue, die zehnte Beratungsstelle in Dietikon eröffnet. In diesem erst 1989 entstandenen Bezirk, dessen Gemeinden vorher zum Bezirk Zürich gehörten, gab es historisch noch keine Vorgänger-Organisation für Paarberatung und Mediation.